Organik hayvan gübresi kullanma, bulundurma ve koruma kuralları aşağıda belirtilmiştir.
a) Organik bitkisel üretim yapılacak alanlarda, arazi üzerine uygulanacak toplam gübre miktarı, tek ürün için yılda hektar başına 170 kg saf azotu geçemez. Söz konusu miktara göre organik tarım Yönetmeliğinin Ek-5? inde yer alan tabloda maksimum hayvan sayısı belirlenmiştir.
b) Organik üretim yapan işletmeler organik üretim fazlası gübrelerini dağıtmak amacıyla bu Yönetmelik hükümlerine göre üretim yapan diğer müteşebbislerle işbirliğine gidebilirler. İşbirliği içerisinde kullanılan tarımsal alanda yılda hektar başına azami 170 kg saf azot miktarının gübreden sağlanan kısmı hesaplanmalıdır.
c) Hayvansal gübrelerin depolama yerleri; doğrudan akıntı ile veya sızıntı ile toprak veya suyun kirlenmesini önleyecek özellikte olmalıdır.
d) Müteşebbisin, yetkilendirilmiş kuruluş ile yapacağı sözleşmede, hayvan gübresinin depolanması için yapılan tesislerin yeri ve tarifi, hayvan gübresinin yayılmasına ilişkin plan, hayvan gübresinin yayılmasına ilişkin diğer işletmelerle yapılan yazışmalar yer almalıdır.